学校克扣实习生工资是违法的。依据《劳动法》等规定，实习生只要工作就应获得工资，无故克扣违法。若不及时处理，会影响实习生权益，造成经济损失和心理伤害。
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学校克扣实习生工资，常见处理方式有协商、投诉、仲裁。可先与学校协商，无果后向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维权。
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学校克扣工资违法。处理方式：1.与学校协商，要求支付应得工资；2.若协商无果，向当地劳动监察大队投诉，提供证据；3.仍无法解决，申请劳动仲裁，必要时可诉诸法院。