首先，合作承包工程协议书应包含关键条款。其次，根据《合同法》的相关规定，协议书内容需明确承包方与发包方的信息、承包内容、工作地点、工程价款及支付期限、双方权利义务及违约责任等，这些都是构成有效合同的关键要素。若缺失关键信息或条款不明确，可能导致合同无效或引发纠纷，严重时会造成经济损失和法律风险。
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常见的处理方式包括：参考标准合同模板、咨询专业律师、与对方协商确定条款。建议在选择处理方式时，应先考虑合同的复杂性和专业性，对于简单合作可直接参考标准合同模板；对于复杂或有特殊要求的合作，应咨询专业律师以确保合同合法有效；在协商过程中，应关注双方权利义务的平衡，确保合同公平合理。
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针对不同情况处理如下：1. 简单合作：可直接使用网上标准合同模板，根据实际情况填写相关信息。2. 复杂合作：需咨询专业律师，确保合同条款符合法律法规，避免法律风险。3. 有争议合作：应先进行双方协商，明确争议点并达成共识，再形成书面协议。